Celem budowy Systemu Zarządzania w projekcie PIONIER-LAB jest zapewnienie systemu informatycznego do zarządzania eksperymentami w rozproszonej infrastrukturze badawczej w projekcie. System jest projektowany na bazie doświadczeń z implementacji analogicznego rozwiązania do zarządzania infrastrukturą badawczą oferowaną w ramach projektów PL-LAB oraz PL-LAB2020. Zasoby poszczególnych laboratoriów dostępne są dla szerokiego spektrum użytkowników, począwszy od naukowców, poprzez przedstawicieli małego i średniego przemysłu, kończąc na użytkownikach indywidualnych. Każdy z zalogowanych użytkowników otrzymuje dostęp do katalogu usług poszczególnych laboratoriów badawczych. Korzystając z dedykowanego formularza może wnioskować o rezerwację zasobów na czas potrzebny do przeprowadzenia swoich prac badawczych. Korzystanie z zasobów laboratoriów wymaga potwierdzenia tożsamości użytkownika za pomocą elektronicznej rejestracji w aplikacji internetowej, dostępnej z poziomu przeglądarki internetowej. System Zarządzania integruje wielu dostawców tożsamości, w szczególności edugain oraz PionierID. Dodatkowym atutem jest zgodność w zakresie uwierzytelnienia z platformą EOSC (ang. European Open Science Cloud), co zapewnia możliwość transparentnego publikowania i współdzielenia rezultatów badań naukowych przeprowadzanych w oparciu o infrastrukturę badawczą PIONIER-LAB. 

Użytkownicy mają możliwość wybrania lokalizacji zasobów, z których zamierzają skorzystać oraz wprowadzenia szczegółowej specyfikacji zasobów (np. parametrów maszyn wirtualnych uruchamianych na żądanie) oraz wskazania topologii połączeń między zasobami. System udostępnia również narzędzie pozwalające na wskazanie uczestników prac (innych użytkowników zarejestrowanych w systemie), którzy mają uzyskać prawa dostępu do udostępnionych zasobów (dedykowanego dla potrzeb indywidualnego użytkownika laboratorium) w celu wspólnej realizacji prac badawczych.